O clube Baitra Baiona F.S., naceu no ano 2005 como a unión de varios amigos, todos veciños de Baiona, con gañas de formar un equipo federado que poida representar a población de Baiona no fútbol sala por toda Galicia.

Anteriormente a decisión de federarse, o equipo colleitara xa diversos triunfos en torneos de carácter local en todo o Val Miñor (Baiona, Nigrán e Gondomar).

O clube comenza sua andadura con un equipo senior masculino que participa na liga zonal do Val Miñor, sendo en está a súa primeira participación logrou o desexado ascenso á liga provincial.

A pesar de ser un recén ascendido en categoría provincial a tempada 2006/2007 foi un éxito e logrouse chegar a promoción de ascenso a liga autonómica e impóndose ao histórico San Martiño F.S. de Moaña, consíguese de novo outro ascenso, o segundo en apenas un ano

Pero o ascenso conseguido nas canchas de xogo non se puido ver efectuado realmente porque temas federativos axenos a nosa entidade impediron que outro equipo da provincia de Pontevedra xogue esta tempada na liga autonómica.